中国是世界上传统医学最丰富、最发达的国家，中西医结合是中国独创的医学学科，所谓“中西医结合就是运用现代医学的思想、方法和技术等研究和发展传统医学。复旦大学是中国开展中西医结合研究最早的单位之一。经过半个多世纪的积累，不断开拓创新，形成了自身的研究特色，取得了显著的成果在国内外学术界享有优良的声誉，是中西医结合医学学科著名高地。

经过老一辈中西医结合学家姜春华、沈自尹等前辈的共同努力，复旦大学于1985年4月成立了原上海医科大学中西医结合研究所，挂靠在复旦大学附属华山医院，首任所长为沈自尹教授。创建之初，复旦大学中西医结合研究所下设针灸神经生物研究室、中西医结合神经病学研究室、中西医结合肿瘤研究室、中西医结合儿科研究室、中西医结合妇产科研究室、中西医结合肝病研究室、中西医结合心血管研究室、中西医结合肺病研究室、藏象室、分子生物学研究室等，分布于复旦大学医学院及其五所附属医院。原上海医科大学中西医结合研究所是中国第一批中西医结合基础和临床学科硕士点和博士点，是我国最早设立中西医结合专业博士后流动站的单位之一，是我国最早拥有中国科学院院士（中西医结合学科）的单位之一。

为了进一步奠定研究所在国内乃至国际中西医结合研究领域的领导地位，扩大复旦大学中西医结合学科的影响力，结合当今时代发展的需求，整合复旦大学优势资源，2015年复旦大学中西医结合学科成为上海市高峰学科，随即成立了复旦大学中西医结合研究院。由著名的中西医结合专家、中科院院士沈自尹教授任名誉院长，董竞成教授等任院长。