ENCODE RNA-seq、eCLIP-seq应用 | SNV影响RNA剪切
“手上掌握了许多RNA-蛋白质结合数据，怎么用？”
UCLA的Xinshu (Grace) Xiao, Ph.D.用ENCODE的RNA-seq找出622个GMAS （影响可变剪切的内含子SNV标签），又用ENCODE的eCLIP-seq数据阐释了GMAS的调控机理。
DNA序列的改变可能导致：本来应该结合的剪切因子无法结合
下面是研究RNA剪切加工的理想实验设计：
细胞核里带PolyA的RNA；
细胞质里带PolyA的RNA；
细胞核里不带PolyA的RNA；
细胞质里不带PolyA的RNA；
这些统统分开测
这样测得的RNA-seq数据，能明显看到intron被剪掉的过程。
从中鉴定出iGMAS：影响可变剪切的内含子SNV标签
貌似GMAS广泛存在于各种细胞类型，那么这种内含子上的变异有什么影响呢？
先预测，认为以下剪切因子可能结合这些GMAS位点。
再用ENCODE的eCLIP-seq数据验证：
希望这个案例能给诸位课题带来启示。
From 嘉因